Είναι μάλλον λίγοι, εκείνοι που γνωρίζουν ότι η Οία πήρε αυτό το όνομα στη δεκαετία του 1930. Οια στα αρχαία χρόνια ονομαζόταν η πόλη (''θηραίων πόλις'') στη θέση που βρίσκεται το σημερινό Καμάρι. Προφανώς εκείνη η αρχαία Οία ήταν το λιμάνι της Αρχαίας Θήρας, της πόλης που ήταν κτισμένη στη κορυφή του Μέσα Βουνού, στο νότιο μέρος της Σαντορίνης. Η πρώτη ονομασία του σημερινού οικισμού της Οίας ήταν Κάστρο του Αγ. Νικολάου ή Πάνω Μεριά (Πάνωμερέα). Έτσι ονομαζόταν το χωριό στο βόρειο άκρο του νησιού, όταν προσαρτήθηκε και η Σαντορίνη στο Δουκάτο του Αρχιπελάγους το 1207.
Μετά την Δ΄Σταυροφορία και την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το 1204, η Βενετία επέλεξε τις Κυκλάδες. Οι Βενετοί κοσμογυρισμένοι ναυτικοί, διάλεξαν τα μέρη εκείνα που είχαν τις μεγαλύτερες εμπορικές δυνατότητες. Δεν τους ενδιέφεραν τα καλλιεργήσιμα εδάφη, όπως ενδιέφεραν τους Σταυροφόρους αλλά νοιάζονταν περισσότερο για τα εμπορικά τους συμφέροντα. Έτσι ζήτησαν από τους Βυζαντινούς τα νησιά του Αιγαίου, που ήταν σημαντικοί σταθμοί στους θαλασσινούς δρόμους της εποχής. Πρώτος δούκας έγινε ο Μάρκος Σανούδος που ίδρυσε το 1207 το Δουκάτο του Αιγαίου ή του Αρχιπελάγους. Η Σαντορίνη παραχωρήθηκε από τον Σανούδο στον Ιάκωβο Βαρότσι (barozzi) . Oι Λατίνοι έποικοι έκτισαν 5 κάστρα στο νησί κι εγκαταστάθηκαν σε αυτά. Τα λεγόμενα καστέλια. Κάθε κάστρο είχε τον καστελάνο του, ''τον διοικητή του''. Το πρώτο καστέλι του Αγ. Νικολάου ή της Πάνω Μεριάς που βρίσκονταν στη σημερινή Οία, δόθηκε στους άρχοντες Νταργέντα (Dargenta) οι οποίοι ήταν εκλατινισμένοι Έλληνες. Το δεύτερο καστέλι υψώνονταν μπροστά στο σημερινό Ημεροβίγλι, ήταν το Κάστρο του Σκάρου. Εκεί εγκαταστάθηκε ο Βαρότσι με την οικογένειά του και με τους άλλους ευγενείς και ήταν το Κάστρο που στέγαζε την κεντρική βενετσιάνικη διοίκηση. Τα άλλα Κάστρα βρίσκονταν στον Πύργο, στο Εμπορείο και το πέμπτο στο νότιο άκρο της Σαντορίνης, στο Ακρωτήρι. Οι ισχυροί στις Κυκλάδες στο τέλος του 13ου αιώνα είναι πια οι Δυτικοί που δημιούργησαν ένα κοινωνικό καθεστώς όμοιο της Δύσης. Οι καθολικοί που άρχισαν να καταφτάνουν στο νησί μετά τη δημιουργία του Δουκάτου του Αιγαίου ήταν κυρίως Βενετοί. Με τον καιρό όμως άρχισαν να φτάνουν οικογένειες και από άλλα μέρη εκτός της Βενετίας. Ήρθαν από Ισπανία, Πορτογαλία, Γαλλία αλλά και από τις άλλοτε βυζαντινές κτήσεις (Μ. Ασία, Πόντος, Ηπειρωτική Ελλάδα) Κρήτη.
Τα χρόνια αυτά πληγή του Αιγαίου ήταν η πειρατεία΄'αρχαία'' όσο και η ναυτιλία. Η Σαντορίνη ήταν ένα από τα πιο προσφιλή νησιά-κρησφύγετα των πειρατών. Τόσο πολλές ήταν οι πειρατικές επιδρομές, ώστε πηγές αναφέρουν ότι ο πληθυσμός είχε μειωθεί πάρα πολύ. Έτσι λοιπόν οι ταλαιπωρημένοι νησιώτες πήραν την απόφαση να κτίσουν τους οικισμούς τους στα πιο ψηλά και δυσπρόσιτα μέρη εκεί όπου θα μπορούσαν να είναι όσο το δυνατό αθέατοι και ασφαλείς.
Έκτισαν ή και σκάλισαν το βράχο γύρω, μέσα και πάνω στα ακραία και απόκρημνα σημεία Σπίτια διώροφα ή και τριώροφα
σπίτια το ένα δίπλα στο άλλο με τους εξωτερικούς τοίχους υψωμένους, έτσι ώστε να δημιουργούν το ''τείχος'' του Καστελιού και του οικισμού. Πού και πού στο ψηλότερο σημείο αυτού του ''τείχους'' υπήρχαν μικρά ανοίγματα-παρατηρητήρια, οι λεγόμενοι Γουλάδες.
Στα Καστέλια του Πύργου, του Εμπορείου και του Ακρωτηρίου, που φαίνεται πως δεν κτυπήθηκαν τόσο πολύ από τους σεισμούς, μπορεί να δει κανείς σήμερα τον τρόπο δόμησης των Καστελιών. Στην Οία χρειάζεται να επιστρατευθεί περισσότερηφαντασία. Ο σημερινός περιηγητής του βορειοδυτικού άκρου της Οίας επισκέπτεται ουσιαστικά τα ερείπια του πύργου-παρατηρητηρίου. Το κτίσμα έστεκε όρθιο, μαζί με τον μητροπολιτικό ναό της Ακαθίστου ή Πλατσανής, μέχρι τον καταστροφικό σεισμό του Ιουλίου του 1956. Η οικογένεια των Βαρότσι κράτησε τη Σαντορίνη 128 χρόνια (1207-1335) . Το 1335 οι ηγεμόνες του Δουκάτου του Αιγαίου, οι Σανούδοι, τους επιτέθηκαν και κατάφεραν να προσαρτήσουν τη Σαντορίνη στης κτήσεις τους. Ενίσχυσαν τις οχυρώσεις τους σε όλα τα Καστέλια, ευνόησαν την αμπελοκαλλιέργεια και προώθησαν την καλλιέργεια του βαμβακιού. Το βαμβάκι ήταν διαφορετικό και μοναδικό φυτό. Ήταν πολυετές και όχι ετήσιο όπως στα άλλα μέρη, (σπορά και θερισμός το ίδιο έτος) , ζούσε πάνω από 100 χρόνια. Γινότανε σαν χαμηλό δέντρο, σαν τις αμπελιές. Αλλά η ιδιαιτερότητά του ήταν το κοκκινωπό του σαν μετάξι χρώμα. Όσο για το κρασί της Σαντορίνης συνέχισε να πουλιέται στις ίδιες αγορές της Ανατολής και μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης (1453) Τον Νοέμβριο του 1357 έγινε μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου. Η Παλαιά Καμένη που ήταν ένα ολόκληρο νησί, σχίστηκε στα δύο. Το 1387 η Σαντορίνη περνάει στα χέρια μιας νέας δυναστείας των Κρίσπων (Crispi) . Τέλος το 1566 το Δουκάτο του Αιγαίου θα περάσει στα χέρια των Οθωμανών. Έτσι μετά από 359 χρόνια (1207-1566) το Δουκάτο του Αιγαίου παύει πια να υπάρχει. Τον Σεπτέμβριο του 1650 γίνεται η φοβερή έκρηξη του ηφαιστείου του Κολούμπου. Το ηφαίστειο αυτό είναι τώρα πια υποθαλάσσιο. Βρίσκεται στη βορειοανατολική πλευρά της Οίας και απέχει μόλις 6, 5χλμ από την ακτή. Η έκρηξη ήταν τρομακτική και διήρκεσε πάνο από δύο μήνες, συνοδευόμενη από δυνατούς σεισμούς και εκτινάξεις ηφαιστειακής τέφρας. Στις 29 Σεπτεμβρίου μάλιστα ένα σεισμικό θαλάσσιο κύμα κάλυψε ένα μεγάλο μέρος του κάμπου και κατέστρεψε πολλές καλλιέργειες. Το κύμα αυτό έφτασε ως την Κρήτη. Από τη λάβα δημιουργήθηκε ένας ύφαλος που ονομάζεται Κολούμπος. Η βάση του βρίσκεται σε βάθος 300 μέτρων ενώ η κορυφή του απέχει μόνο 19 μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας.
Κολούμπος, είναι παραφθορά της ιταλικής λέξης colomba που θα πει περιστέρι. Αυτό το ηφαίστειο σε αντίθεση με τα άλλα της καλντέρας, την Παλαιά και τη Νέα Καμένη που είναι κατάμαυρα, είναι κάτασπρο όπως το περιστέρι. Γι' αυτό και από καταγεγραμμένες εμπειρίες βλέποντάς το πριν καταποντιστεί στα βάθη της θάλασσας ονόμασαν το λευκό αυτό ηφαίστειο Κολούμπο ή Κουλούμπο.
Στον απελευθερωτικό αγώνα κατά του ζυγού της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας (1821) η Σαντορίνη θα προσφέρει τόσα πολλά καράβια και πληρώματα ώστε να είναι η τρίτη δύναμη μετά την Ύδρα και τις Σπέτσες.
Στις 5 Μαϊου του 1821, επέτειο της πολιούχου Αγ. Ειρήνης, ο απεσταλμένος του Δ. Υψηλάντη θα υψώσει στη Σαντορίνη τη σημαία της Επαναστάσεως. Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδος η Σαντορίνη γίνεται επαρχία του νέου Ελληνικού κράτους (1827) .
Μετά την Δ΄Σταυροφορία και την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το 1204, η Βενετία επέλεξε τις Κυκλάδες. Οι Βενετοί κοσμογυρισμένοι ναυτικοί, διάλεξαν τα μέρη εκείνα που είχαν τις μεγαλύτερες εμπορικές δυνατότητες. Δεν τους ενδιέφεραν τα καλλιεργήσιμα εδάφη, όπως ενδιέφεραν τους Σταυροφόρους αλλά νοιάζονταν περισσότερο για τα εμπορικά τους συμφέροντα. Έτσι ζήτησαν από τους Βυζαντινούς τα νησιά του Αιγαίου, που ήταν σημαντικοί σταθμοί στους θαλασσινούς δρόμους της εποχής. Πρώτος δούκας έγινε ο Μάρκος Σανούδος που ίδρυσε το 1207 το Δουκάτο του Αιγαίου ή του Αρχιπελάγους. Η Σαντορίνη παραχωρήθηκε από τον Σανούδο στον Ιάκωβο Βαρότσι (barozzi) . Oι Λατίνοι έποικοι έκτισαν 5 κάστρα στο νησί κι εγκαταστάθηκαν σε αυτά. Τα λεγόμενα καστέλια. Κάθε κάστρο είχε τον καστελάνο του, ''τον διοικητή του''. Το πρώτο καστέλι του Αγ. Νικολάου ή της Πάνω Μεριάς που βρίσκονταν στη σημερινή Οία, δόθηκε στους άρχοντες Νταργέντα (Dargenta) οι οποίοι ήταν εκλατινισμένοι Έλληνες. Το δεύτερο καστέλι υψώνονταν μπροστά στο σημερινό Ημεροβίγλι, ήταν το Κάστρο του Σκάρου. Εκεί εγκαταστάθηκε ο Βαρότσι με την οικογένειά του και με τους άλλους ευγενείς και ήταν το Κάστρο που στέγαζε την κεντρική βενετσιάνικη διοίκηση. Τα άλλα Κάστρα βρίσκονταν στον Πύργο, στο Εμπορείο και το πέμπτο στο νότιο άκρο της Σαντορίνης, στο Ακρωτήρι. Οι ισχυροί στις Κυκλάδες στο τέλος του 13ου αιώνα είναι πια οι Δυτικοί που δημιούργησαν ένα κοινωνικό καθεστώς όμοιο της Δύσης. Οι καθολικοί που άρχισαν να καταφτάνουν στο νησί μετά τη δημιουργία του Δουκάτου του Αιγαίου ήταν κυρίως Βενετοί. Με τον καιρό όμως άρχισαν να φτάνουν οικογένειες και από άλλα μέρη εκτός της Βενετίας. Ήρθαν από Ισπανία, Πορτογαλία, Γαλλία αλλά και από τις άλλοτε βυζαντινές κτήσεις (Μ. Ασία, Πόντος, Ηπειρωτική Ελλάδα) Κρήτη.
Τα χρόνια αυτά πληγή του Αιγαίου ήταν η πειρατεία΄'αρχαία'' όσο και η ναυτιλία. Η Σαντορίνη ήταν ένα από τα πιο προσφιλή νησιά-κρησφύγετα των πειρατών. Τόσο πολλές ήταν οι πειρατικές επιδρομές, ώστε πηγές αναφέρουν ότι ο πληθυσμός είχε μειωθεί πάρα πολύ. Έτσι λοιπόν οι ταλαιπωρημένοι νησιώτες πήραν την απόφαση να κτίσουν τους οικισμούς τους στα πιο ψηλά και δυσπρόσιτα μέρη εκεί όπου θα μπορούσαν να είναι όσο το δυνατό αθέατοι και ασφαλείς.
Έκτισαν ή και σκάλισαν το βράχο γύρω, μέσα και πάνω στα ακραία και απόκρημνα σημεία Σπίτια διώροφα ή και τριώροφα
σπίτια το ένα δίπλα στο άλλο με τους εξωτερικούς τοίχους υψωμένους, έτσι ώστε να δημιουργούν το ''τείχος'' του Καστελιού και του οικισμού. Πού και πού στο ψηλότερο σημείο αυτού του ''τείχους'' υπήρχαν μικρά ανοίγματα-παρατηρητήρια, οι λεγόμενοι Γουλάδες.
Στα Καστέλια του Πύργου, του Εμπορείου και του Ακρωτηρίου, που φαίνεται πως δεν κτυπήθηκαν τόσο πολύ από τους σεισμούς, μπορεί να δει κανείς σήμερα τον τρόπο δόμησης των Καστελιών. Στην Οία χρειάζεται να επιστρατευθεί περισσότερηφαντασία. Ο σημερινός περιηγητής του βορειοδυτικού άκρου της Οίας επισκέπτεται ουσιαστικά τα ερείπια του πύργου-παρατηρητηρίου. Το κτίσμα έστεκε όρθιο, μαζί με τον μητροπολιτικό ναό της Ακαθίστου ή Πλατσανής, μέχρι τον καταστροφικό σεισμό του Ιουλίου του 1956. Η οικογένεια των Βαρότσι κράτησε τη Σαντορίνη 128 χρόνια (1207-1335) . Το 1335 οι ηγεμόνες του Δουκάτου του Αιγαίου, οι Σανούδοι, τους επιτέθηκαν και κατάφεραν να προσαρτήσουν τη Σαντορίνη στης κτήσεις τους. Ενίσχυσαν τις οχυρώσεις τους σε όλα τα Καστέλια, ευνόησαν την αμπελοκαλλιέργεια και προώθησαν την καλλιέργεια του βαμβακιού. Το βαμβάκι ήταν διαφορετικό και μοναδικό φυτό. Ήταν πολυετές και όχι ετήσιο όπως στα άλλα μέρη, (σπορά και θερισμός το ίδιο έτος) , ζούσε πάνω από 100 χρόνια. Γινότανε σαν χαμηλό δέντρο, σαν τις αμπελιές. Αλλά η ιδιαιτερότητά του ήταν το κοκκινωπό του σαν μετάξι χρώμα. Όσο για το κρασί της Σαντορίνης συνέχισε να πουλιέται στις ίδιες αγορές της Ανατολής και μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης (1453) Τον Νοέμβριο του 1357 έγινε μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου. Η Παλαιά Καμένη που ήταν ένα ολόκληρο νησί, σχίστηκε στα δύο. Το 1387 η Σαντορίνη περνάει στα χέρια μιας νέας δυναστείας των Κρίσπων (Crispi) . Τέλος το 1566 το Δουκάτο του Αιγαίου θα περάσει στα χέρια των Οθωμανών. Έτσι μετά από 359 χρόνια (1207-1566) το Δουκάτο του Αιγαίου παύει πια να υπάρχει. Τον Σεπτέμβριο του 1650 γίνεται η φοβερή έκρηξη του ηφαιστείου του Κολούμπου. Το ηφαίστειο αυτό είναι τώρα πια υποθαλάσσιο. Βρίσκεται στη βορειοανατολική πλευρά της Οίας και απέχει μόλις 6, 5χλμ από την ακτή. Η έκρηξη ήταν τρομακτική και διήρκεσε πάνο από δύο μήνες, συνοδευόμενη από δυνατούς σεισμούς και εκτινάξεις ηφαιστειακής τέφρας. Στις 29 Σεπτεμβρίου μάλιστα ένα σεισμικό θαλάσσιο κύμα κάλυψε ένα μεγάλο μέρος του κάμπου και κατέστρεψε πολλές καλλιέργειες. Το κύμα αυτό έφτασε ως την Κρήτη. Από τη λάβα δημιουργήθηκε ένας ύφαλος που ονομάζεται Κολούμπος. Η βάση του βρίσκεται σε βάθος 300 μέτρων ενώ η κορυφή του απέχει μόνο 19 μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας.
Κολούμπος, είναι παραφθορά της ιταλικής λέξης colomba που θα πει περιστέρι. Αυτό το ηφαίστειο σε αντίθεση με τα άλλα της καλντέρας, την Παλαιά και τη Νέα Καμένη που είναι κατάμαυρα, είναι κάτασπρο όπως το περιστέρι. Γι' αυτό και από καταγεγραμμένες εμπειρίες βλέποντάς το πριν καταποντιστεί στα βάθη της θάλασσας ονόμασαν το λευκό αυτό ηφαίστειο Κολούμπο ή Κουλούμπο.
Στον απελευθερωτικό αγώνα κατά του ζυγού της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας (1821) η Σαντορίνη θα προσφέρει τόσα πολλά καράβια και πληρώματα ώστε να είναι η τρίτη δύναμη μετά την Ύδρα και τις Σπέτσες.
Στις 5 Μαϊου του 1821, επέτειο της πολιούχου Αγ. Ειρήνης, ο απεσταλμένος του Δ. Υψηλάντη θα υψώσει στη Σαντορίνη τη σημαία της Επαναστάσεως. Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδος η Σαντορίνη γίνεται επαρχία του νέου Ελληνικού κράτους (1827) .
